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La nueva pareja Akatsuki: Tobi y Deidara

Después de esto, paso a ser el compañero de Deidara, con quien tuvo que capturar a Sanbi, el Bijū de tres colas. Del combate sólo se ve cómo el monstruo persigue a Tobi, y cómo Deidara hace explotar uno de sus animales de arcilla junto a él para debilitarlo. Tras la victoria del equipo, Tobi afirma que lo consiguieron gracias a su poderoso jutsu no mostrado, aunque su compañero discrepa de esto ya que Sanbi no poseía a ningún jinchuuriki que lo hiciera realmente peligroso para ellos.

Sasuke contra Deidara

Tras la derrota de Orochimaru a manos de Sasuke Uchiha, su hermano mayor Itachi se perfila como el siguiente objetivo del Uchiha y su equipo Hebi, así pues Akatsuki se pone en estado de alerta, Deidara y Tobi logran encontrar a Sasuke antes que nadie y entablan batalla con él. En un primer momento se esconde de él por el miedo que le provocó la mirada de Sasuke al comparar su parecido con el de Itachi y al comenzar un combate recibe una estocada del Chokuto de Sasuke gracias a su Sunshin jutsu no obstante el extraño Akatsuki se levanta indemne. Deidara toma la iniciativa del combate con su C1 pero Sasuke logra volver su estrategia contra él y hacerlo retroceder.

Cuando Deidara se ve forzado a usar su C2, Tobi se encarga de colocar minas bajo el suelo con (lo que parece) un jutsu del tipo tierra (como el que usa Kakashi para esconderse bajo la tierra). Después de eso se mantiene al margen de la pelea mientras Deidara y Sasuke combaten. Cuando su senpai resulta derrotado por el Uchiha a pesar de haber usado su C4 y decide suicidarse, Tobi se encuentra en el radio de la explosión (2 kilómetros) y el propio Pein lo da por muerto cuando informa al resto de la organización de la derrota de Deidara, Kisame se burla de él y le atribuye la única habilidad de alegrar una organización tan oscura como es Akatsuki.

Jiraiya contra Pein

Sin embargo, el propio Tobi se presenta más tarde mostrando su sharingan ante Konan y Pein y sostiene que los ojos de Sasuke sobrepasarán a los de Itachi al tiempo que encomienda la caza del Kyubi a Pein. Después se le ve sentado en el Valle del Fin cuando Jiraiya habla sobre Uchiha Madara y como sospecha de su responsabilidad en el ataque de Kyubi a Konoha justo antes de iniciar su combate.

Itachi contra Sasuke

El equipo de Konoha se encuentra con Tobi cuando tratan de seguir a Sasuke (que ha partido a su enfrentamiento con su hermano Itachi). Naruto intenta derrotar rápidamente con su Rasengan, no obstante sus jutsus y ataques no surten efecto en Tobi, que toma la delantera del breve combate y se burla de él.

Las formaciones de ataque de Konoha no sirven contra Tobi, que parece poder hacer desaparecer su cuerpo a voluntad, Shino Aburame logra ubicarlo y alcanzarlo con su Hijutsu Mushidama y drenarle su chakra, cuando parece atrapado desaparece (segun Kakashi usando un jutsu espacio-temporal). Zetsu llega para informar de la muerte de Itachi y la victoria de Sasuke, Tobi admite haber previsto esto, y se dispone a marcharse, en ese momento su sharingan se cruza con el de Kakashi.

La revelación de Madara: la verdad sobre los Uchiha

Tobi abandona el lugar junto a Zetsu mientras Kakashi y los demás hayan el lugar del combate entre Itachi y Sasuke. Tobi y poco después Zetsu llegan al lugar, el Uchiha sostiene que luego se relajará con lo recordado por Zetsu sobre el combate y le ordena al extraño miembro de Akatsuki llevarse el cadáver de Itachi mientras él se va con el malherido Sasuke. En una guarida cavernosa, Tobi le aplica primeros auxilios al joven Uchiha, cuando este se despierta le recuerda su pelea con Deidara aunque rechaza ser su enemigo, tras esto se dispone a revelarle la verdad sobre su hermano Itachi, ante la desconfianza de Sasuke, Tobi descubre su sharingan, y un estupefacto Sasuke activa el suyo en el ojo izquierdo.

Ante el Sharingan de Tobi, Sasuke transforma inconscientemente el suyo propio en Mangekyō Sharingan y libera Amaterasu sobre Tobi. A pesar de esto Tobi emerge intacto y afirma que Itachi siempre lo amenazaba, incluso después de muerto, tras lo cual explica que el mayor de los Uchiha le dejó a Sasuke todas sus técnicas oculares para protegerlo. Ante la incredulidad y confusión de Sasuke, Tobi se revela a sí mismo como Madara Uchiha y se dispone a explicarle el modo de vida de su hermano mayor a Sasuke, ya que siempre quiso proteger el mundo ninja, a Konoha y sobre todo a su hermano menor. Sasuke pierde los papeles ante esto y acaba por desmayarse, Tobi se ve forzado a atarlo y una vez se ha calmado se dispone a contarle la verdad sobre Itachi, una verdad que sólo el fallecido Sandaime, Danzō y los dos consejeros de Konoha conocen, Sasuke no cree que alguien que asesinó a todo su clan pudiera protegerlo y Tobi confirma que lo hizo siguiendo órdenes de Konoha. Tobi le revela que 80 años atrás entre los belicosos clanes ninja, el poder lo era todo, y que para alcanzar el máximo poder asesinó a su amigo y a su hermano, tras hacerse con el control del clan sobrevino un enfrentamiento continuo con el clan Senju y su líder, el que posteriormente sería Shodaime, llamado Hashirama Senju.

Ambos clanes rivales lucharon hasta la extenuación, pero los Senju ofrecieron una tregua, a pesar de que Madara se opuso, el clan Uchiha lo aceptó y se instituyó la aldea de Konoha, con el liderazgo de Hashirama. Madara temió que esto se volviera contra su clan y se enfrentó a Shodaime, pero incluso su propio clan lo acusó de codicioso e incluo le recriminó que le quitara los ojos a su hermano. Madara abandonó la aldea y se enfrentó a Shodaime, perdiendo el enfrentamiento y siendo dado por muerto. Nidaime les dio la potestad policial a los Uchiha para mantenerlos bajo vigilancia y con el tiempo algunos disidentes surgieron entre los Uchiha, con el ataque de Kyubi a la aldea, Danzō y los consejeros culparon a los Uchiha y los marginaron a pesar de que Sandaime se opuso. Los Uchiha planearon un Golpe de Estado sobre la aldea, pero Konoha infiltró un espía entre los Uchiha, Itachi.

Inicialmente Itachi era un espía de los Uchiha en ANBU comandado por el líder del clan Fugaku Uchiha sin embargo Itachi, que había vivido la Tercera Guerra Ninja con sólo 4 años y comprendía la inestabilidad que traería un Golpe de Estado, traicionó a su clan, convirtiéndose en un doble espía, cosa que culmina con la orden de asesinar a todo su clan para eliminar cualquier riesgo. Itachi se dio cuenta d eque Madara Uchiha seguía vivo, infiltrado en los ANBU y dispuesto a causar una guerra y le ofreció acabar con el clan con la condición de que abandonara sus pretensiones sobre Konoha, a pesar del intento de acuerdo de Sandaime, la orden fue ejecutada. Sin embargo Itachi fue incapaz de matar a su propio hermano, amenazó a Danzō con descubrir el complot si Sasuke fuera dañado e hizo prometer a Sarutobi que no le contaría la verdad; así Itachi empujó a su hermano a una vida de cólera y odio con el fin de hacerlo fuerte y morir a sus propias manos un día, para hacerle merecedor de un nuevo poder, la confianza de Sasuke se quiebra ante esta revelación y no da crédito a lo contado por Tobi. Sasuke replica aludiendo a su combate, en el que Itachi usó su Mangekyō Sharingan, Tobi explica que eso fue un plan para forzarlo hasta el límite y poder liberarlo del sello maldito y de Orochimaru, también le previno de Madara y le otorgó su Amaterasu para que no creyera su historia. Itachi se unió a Akatsuki para poder defende Konoha desde dentro, tras la muerte de Sandaime apareció como aviso hacia Danzō y los consejeros y finalmente alargó su vida medicándose, luchando contra una enfermedad terminal que lo consumía para poder morir ante Sasuke y legarle el honor de haber vengado a los Uchiha.

Posteriormente, un Sasuke ya recuperado ante una playa, llora al recordar las últimas palabras de su hermano, y ante el equipo Hebi y el propio Tobi, proclama que a partir de ahora su equipo se llamará Taka (halcón) y mientras muestra sus nuevos ojos da a conocer su objetivo, destruír Konoha. Poco después, Tobi aparece ante Sasuke en unas ruinas mientras este recuerda la marcha de Itachi de la aldea para preguntarle si tomará los ojos de su hermano, a lo que Sasuke responde negativamente, ya que planea labrarse su propio camino.

Saga actual

Tobi le revela tras esto su identidad a Kisame Hoshigaki en último lugar, que lo reconoce como el Mizukage y le ofrece su apoyo y confianza. Tras esto y ante el deseo de Sasuke Uchiha de acabar con los altos mandos de Konoha, Akatsuki y Taka deciden unir fuerzas (a pesar de que Suigetsu aun planea acabar con Kisame), para ello Tobi le ofrece un Bijū como refuerzo a Sasuke y su equipo mientras Akatsuki se ocupa de Naruto Uzumaki, contendor del Kyūbi. Poco después Zetsu aparece y a solas, Tobi le confiesa que la muerte de Itachi y la de todos los miembros anteriores han servido a sus propósitos, puesto que ya posee la lealtad de Sasuke y el camino despejado para atacar Konoha.

En el capítulo 364 del manga, Tobi es revelado como la persona que maneja Akatsuki, dándole ordenes a Pein (quien hasta el momento se había mostrado como líder), y se nombra a sí mismo como Madara Uchiha a la vez que muestra el sharingan en su ojo derecho. Esto parece echar por tierra toda posibilidad de que su identidad real sea Obito Uchiha, a menos que Tobi estuviera mintiendo. Aparece en otro capítulo encima de la estatua de Madara Uchiha en el Valle del Fin,[1] lugar donde se llevó a cabo la pelea entre Naruto y Sasuke al final de la primera parte de la serie. Pein le dice a Zetsu al final de su pelea con Jiraiya[2] que Madara le había ordenado capturar a Kyūbi, refiriéndose a Tobi. Posteriormente Kisame Hoshigaki al verle la cara le reconoce como el Mizukage.